Hầu hết các trò chơi trong Five Nights at Freddy's: Sister Location đều loại bỏ khía cạnh sinh tồn của bốn game trước. Thay vì ở một nơi và ngăn các nhân vật phản diện tấn công, người chơi phải di chuyển từ phòng này sang phòng khác để đáp ứng một loạt các mục tiêu thay đổi trong mỗi năm đêm. Ví dụ, vào đêm thứ hai, người chơi phải vào "Phòng trưng bày Ballora" và khởi động lại một hệ thống các công tắc, trong khi đến đêm thứ tư, người chơi phải được đặt trong một bộ trang phục nhân vật animatronic lò xo trong khi chiến đấu với "Minireenas".

Như trong Five Nights at Freddy's 2, khi trò chơi kết thúc, người chơi có thể chơi một minigame 8 bit, trong đó Circus Baby nên tặng bánh cupcake cho một số trẻ em và sau đó lấy kem cho một cô gái. Hoàn thành minigame này sẽ cấp quyền truy cập đến một cấp độ bí mật trong đêm thứ năm, nó gần như hoàn toàn giống như lối chơi của trò chơi đầu tiên. Tại đây, người chơi sẽ ở lại trong một văn phòng an ninh và phải ngăn một animatronic lai gọi là "Ennard" xâm nhập, quan sát chuyển động của Ennard thông qua hệ thống camera an ninh và đóng cửa điện, với nguồn điện hạn chế.

Kết thúc năm đêm mở ra một bộ sưu tập các tính năng bổ sung: hình ảnh Animatronic của trò chơi, bản thiết kế của nó, bản đồ của các cơ sở và tự động truy cập vào minigame Circus Baby. Kể từ bản cập nhật ngày 1 tháng 12 năm 2016, kết thúc mỗi đêm cũng mở ra chế độ "Đêm tùy chỉnh" không chính tắc, diễn ra trong phiên bản sửa đổi của cấp độ bí mật của đêm thứ năm. Người chơi có thể chọn giữa một số chế độ và độ khó, trái ngược với Animatronic mới, và phải bảo đảm được nguồn cung cấp năng lượng và nguồn cung cấp oxy để tồn tại. Hoàn thành các chế độ này cho phép người chơi thấy một loạt các cảnh đphim đã được tuyên bố là một phần của câu chuyện của bộ truyện; tất cả ngoại trừ cảnh cuối cùng ở độ phân giải 8 bit.

Có một hệ thống thành tích dưới dạng bốn ngôi sao, có được bằng cách mở khóa tất cả các kết thúc của trò chơi, hoàn thành minigame Circus Baby và hoàn thành chế độ khó nhất trong mỗi "Đêm tùy chỉnh".

Như trong tất cả các trò chơi trong sê-ri, việc thất bại trong việc chống lại sự tấn công của Animatronic sẽ dẫn đến thua cuộc, kết thúc trò chơi.